知らずに父親の借金の保証人になっていました。

父親が知人に200万円借金をしました。
その際に、保証人に私の名前を書いたみたいです。
全く見に覚えがないのに保証人にさせられました。
公正証書も父が書いたようです。
しかしその後父が蒸発しました。
この場合、私はこの借金を払わなければならないのでしょうか?

支払い義務は発生していません。

通常、保証契約に際して貸金業者には保証人になる人に対しての「意思確認」が義務付けられています。このケースでは、それを欠いていますので保証契約は有効に成立てないことになります。

なお、公正証書が出来上がっているとのことですので、強制執行を受ける惧れがあります。
そのようになる前に、専門家にご相談され対処されてください。

回答

立証は難しいでしょうが、全然知らないところで勝手に書かれたというのであれば責任を負うことはありません。ただお父さんの刑事責任に発展する可能性もあります。